Los hallazgos arqueológicos evidencian que ya existían asentamientos entre el 30.000 – 40.000 a.C.
En la primera mitad del primer milenio a.C se crearon en el territorio las primeras formaciones estatales modernas de la actual Uzbekistán, formadas por tribus procedentes de Irán, de las cuales las más conocidas fueron las de los bactrianos y los sogds. Durante el periodo 559-331 a.C toda la zona estaba bajo el dominio persa de la Dinastía Aqueménida. Después de subir al trono, Alejandro Magno conquistó Bactria y Sogdiana, tras dos campañas contra Darío III Codomano en 329-327 a.C., poniendo fin a dicha dinastía .
El Imperio Griego duró sólo unas pocas décadas después de la muerte de Alejandro Magno en 323 a.C. En el año 130 a.C finalizó el período greco-bactriano con las invasiones de los pueblos nómadas de chinese yuetschi. Desde yuetschi comenzó a surgir la dinastía de Kushan, cuyo imperio se incluyó el territorio del actual Uzbekistán. A principios del siglo III los kushanids comenzaron a desintegrarse hasta que el territorio de Khorezm quedó bajo soberanía persa de los sasánidas , que duró casi cuatro siglos. A principios del siglo V las tribus nómadas de los hunos blancos (heftalites) invadieron Asia Central y crearon hasta comienzos del siglo VI un reino cuya expansión han superado con creces a los kushanidas.
Las invasiones continuaron en el siglo VII con la conquista de los árabes. El imperio islámico Samánida, que fue creado después de la invasión árabe, se ha caracterizado por la diversidad cultural que se desarrolló a partir de la interacción de la religión islámica y la cultura persa. A finales del siglo X, Asia Central se convirtió en un peón en la lucha de poder entre los turcos qarajanidas y selyúcidas, que duró casi dos siglos. Como fuerza líder en la región se estableció el Kanato de Khorezm en siglo XII donde están situadas las grandes zonas del actual Uzbekistán , incluyendo Samarcanda y Bujara. En una sangrienta venganza sobre el Khan de Khorezm, Genghis Khan envió en 1219 un ejército de casi 200.000 militares , que tenían por objetivo la conquista y la destrucción de todas las ciudades grandes de la región.
Después de las guerras continuó un período de inestabilidad política. En la segunda mitad del siglo XIV Amir Timur unió de nuevo el territorio de Uzbekistán. Amplió su poder en grandes campañas y por fin fundó un estado que era más poderoso que el imperio de Genghis Khan. Amir Timur está considerado el héroe nacional de los uzbekos . Tras su muerte en 1405, la dinastía de Amir Timur fue continuada por su nieto Ulugbek , conocido y valorado no sólo como un líder político, sino también como un destacado científico. Diseñó, entre otras cosas, un observatorio, que fue el único en el mundo en aquellos tiempos.
En el año 1500 comenzó la era del Kanato uzbeko. Los uzbekos habían surgido de la Horda de Oro (Oltin O’rda), y dominaron a finales del siglo XV un gran imperio desde Siberia, que se extendía hasta el Syr Darya. La dinastía de Muhammad Shaybani gobernó desde 1500-1510 como shaybanides. Ocuparon el trono del emir de Bujara y continuaron con la conquista de Khorezm en 1505. Una rama de la familia fundó en el año 1512, el Kanato de Jiva. El periodo del Kanato uzbeko se considera la edad de oro de la cultura y la ciencia, y también de la vida religiosa. La mayoría de los edificios históricos en Uzbekistán datan de este período. A principios del siglo XVIII comenzó un período de problemas internos y disturbios . El Kanato de Kokand fue fundada en 1710 y conquistó Bujara, derrotando al Khan imperante. El área del actual Uzbekistán quedaba distribuida en ese momento con los kanatos de Jiva y Kokand y el Emirato de Bujara.
En la segunda la mitad del siglo XIX, el Imperio Ruso comenzó sus actividades militares en Asia Central logrado en los años 1853-1873 el dominio colonial sobre Uzbekistán. Mientras que el Kanato de Kokand fue se incorporó en el Turquestán General, la capital Tashkent ( 1876), el Emirato de Bujara y el Kanato de Jiva permanecieron bajo protectorados rusos. La revolución de 1917 también se hizo eco en el Turquestán . Después de la toma del poder por los bolcheviques, la República Socialista Soviética Autónoma de Turkestán fue proclamada en 1918. Jiva y Bujara fueron sometidas por el Ejército Rojo en 1920 y se proclamaron las Repúblicas Populares de Bujara y Khorezm. En 1924, la República Socialista Soviética Autónoma de Turkestán y las dos repúblicas Khorezm y Bujara se forman a partir de la República Socialista Soviética de Uzbekistán .
El 31 de agosto de 1991 se declaró la independencia de Uzbekistán de la Unión Soviética. El primer presidente fue Islom Karimov, quien todavía está en el cargo.